综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策。

集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。

综合保税区和自贸区一样，是我国目前开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域。

根据现行有关政策，海关对综合保税区实行封闭管理，境外货物进入综保区，实行保税管理；境内其他地区货物进入综保区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理部门也对综保区实行相对优惠的政策。

企业在综保区开展口岸作业业务，海关、商检等部门在园区内查验货物后，可在任何口岸(海港或空港 )转关出口，无须再开箱查验。

2016年2月3日，国务院正式批准设立昆明综合保税区。这是继2011年国务院《关于支持云南省加快建设面向西南开发重要桥头堡的意见》发布以来，昆明在加速发展道路上又一重大利好消息，也是昆明市积极融入国家“一带一路”倡议，主动适应新常态，着力谋求新发展的“新引擎”。

昆明综合保税区总规划面积为2平方公里，分为经开片区和空港片区。

昆明综合保税区（经开片区）是原昆明出口加工区，于2005年6月经国务院批准设立，2008年2月封关运行，昆明综合保税区（经开片区）的围网面积为0.58平方公里，包括保税监管仓库、保税加工标准厂房、办公楼、倒班房、配电设施等。主要涉及珠宝玉石、电子信息、太阳能光伏、生物食品、飞行员培训等项目。

昆明综合保税区（空港片区）为目前在建区域，位于昆明长水国际机场旁，昆明空港经济区临空产业带的中部，规划面积1.42平方公里，昆明综合保税区（空港片区）具体分为保税功能区、口岸作业区和综合服务区等功能板块。